Фамилия Докунина — женская форма, а её мужской вариант Докунин. В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Докуня. Это уменьшительная форма от глагола «докучать» — надоедать, приставать с просьбами. В старину Докуней могли прозвать человека навязчивого, назойливого, либо, напротив, того, кто умел добиваться своего упорством и многократными просьбами.

Словообразовательная модель проста и типична для русского севера и центра: суффикс -ин (-ын) указывает на принадлежность. Докунин — «сын Докуни» или «человек из семьи Докуни». Такие фамилии обычно возникали в крестьянской и мещанской среде, где прозвища давали по характеру или поведению, а не по профессии.

Встречается версия, что Докуня — это народная форма крестильного имени Досифей (греч. «дар Божий»). Такое переосмысление возможно, но менее вероятно: слишком велик смысловой разрыв между книжным Досифеем и бытовым Докуней, который ассоциировался именно с докучливостью. К тому же у имени Досифей есть свои устойчивые уменьшительные формы (Дося, Досик), а Докуня возникает именно от глагола.

Географически фамилия Докунин встречается чаще всего в Вологодской, Архангельской областях и в Поволжье — в тех регионах, где были сильны традиции прозвищных фамилий на -ин. Встречаются и однокоренные фамилии: Докучаев, Докучный — они образованы от той же основы и несут ту же характеристику человека.

Таким образом, предки носителей фамилии Докунина — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище по черте характера. Фамилия не относится к дворянским, но в этом и её ценность: она прямо говорит о живом народном языке, где прозвище могло закрепиться за целым родом.