Фамилия Докуновы, как и многие русские родовые имена, ведёт начало от личного прозвища — Докун. Такая модель образования (прозвище + суффикс -ов) была самой распространённой на Руси: она указывала на принадлежность к главе семьи, буквально «сын Докуна» или «из дома Докуна».

Версий происхождения самого прозвища несколько, и они ведут в разные смысловые стороны. Первая связывает его с глаголом «докунеть» — то есть «стать дошлым, зрелым, опытным». В таком случае Докуном называли взрослого, состоятельного человека, который достиг зрелости и положения в обществе. Это объяснение опирается на славянскую лексику и выглядит правдоподобным для фамилии, закрепившейся в крестьянской или посадской среде.

Вторая версия выводит корень из тюркского слова dokun — «трогать, задирать, обижать». Здесь прозвище Докун получал человек с беспокойным или насмешливым нравом — задира, шутник, тот, кто любил задевать окружающих. Учитывая многовековые контакты славян с тюркскими народами, такой вариант тоже имеет право на существование, хотя встречается реже.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс -ов присоединён к основе Докун-. Это типичная патронимическая модель, которая в XVI–XVII веках вытеснила полуотчества и закрепилась как наследственная. По сословной принадлежности Докуновы могли быть крестьянами, реже — мещанами или служилыми людьми, но без конкретных документов по конкретной ветви утверждать это сложно.

Однокоренных фамилий немного, что подтверждает относительную редкость исходного прозвища. Встречается вариант Докунин (с суффиксом -ин), но он образован от той же основы по другому грамматическому принципу. Точное место и время возникновения фамилии Докуновы можно установить только в рамках генеалогического исследования конкретного рода — архивные записи по отдельным губерниям могли бы дать ответ, но в общем виде фамилия остаётся ярким примером прозвищного именования, уходящего корнями в бытовую или диалектную речь.