Фамилия Докунин образована по самой распространённой в русском языке модели — с патронимическим суффиксом -ин. Это значит, что в основе лежит имя или прозвище отца, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей?»: сын Докуни. Такой суффикс характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я, что указывает на основу Докуня.

Происхождение прозвища Докуня неочевидно и допускает несколько толкований. Самое прямое — связь с глаголом «докучать» (надоедать, приставать). В этом случае Докуней могли прозвать навязчивого, назойливого человека, любителя споров или просьб. В русских говорах слово «докука» означало просьбу, хлопоты или надоедание, а «докучный» — надоедливый. Прозвища, данные по черте характера, были распространены повсеместно, и такая версия выглядит правдоподобной.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от канонического имени Дорофей или Дометий в их народной, сокращённой форме. В крестьянской среде полные имена часто усекали до ласкательных вариантов: Дороня, Докуня. Если это так, то фамилия несёт в себе память о предке, которого в быту звали Докуней — сокращением от церковного имени.

С географической точки зрения фамилия Докунин не привязана к какому-то одному региону. Она встречается в центральных областях России, а также в Поволжье и на Урале, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от географических названий. В списках однодворцев и крестьян XVII–XVIII веков можно найти носителей похожих прозвищ, но конкретных исторических личностей с фамилией Докунин, вошедших в энциклопедии, не зафиксировано.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия Докунин — простой и прозрачный пример русского патронима. В отличие от фамилий на -ский, она не указывает на дворянское происхождение или владение землёй. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми, а сама фамилия закрепилась за потомками человека, которого в округе знали по прозвищу Докуня.