Фамилия Доканин образована от прозвища Докана, а оно, скорее всего, связано с диалектным словом «доканать» — «доконать, довести до конца, доделать» или «одолеть, победить». В народной речи «доканать» могло означать «добить», «извести», но в контексте прозвища чаще приобретало значение «дотошный», «упёртый», «тот, кто доводит дело до конца». Встречается и версия, что Докана — это форма имени Докий (из греческого «докео» — «полагать, думать»), но она менее убедительна, так как в русской среде это имя было редким, а прозвищная модель — типичной.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Доканин — «сын Доканы». Такая модель (основа на -а, -я) характерна для фамилий, возникших в северных и центральных регионах России, а также в среде крестьянства и посадских людей. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от мужских имён с твёрдой основой, -ин закреплялся за прозвищами и именами, оканчивающимися на гласный.

Географически фамилия Доканин встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение: в этих регионах активно бытовали диалектные глаголы с корнем «док-». Сравните с однокоренными фамилиями Докин, Доков — они тоже редки и несут ту же смысловую нагрузку. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и стрельцов с прозвищем Докана, что говорит о бытовом, а не книжном происхождении.

Кем мог быть предок? Скорее всего, человеком, которого в деревне прозвали за настойчивость, умение доделывать работу до конца или, наоборот, за неуступчивость в споре. Вряд ли это прозвище было связано с ремеслом или социальным статусом: оно описывает характер, а не занятие. Фамилия не получила широкого распространения и не перешла в дворянские роды, оставшись в крестьянской и мещанской среде.