Фамилия Деканин — редкий пример русской фамилии, в основе которой лежит не церковное имя и не профессия, а глагольное прозвище, скорее всего, из северных или сибирских говоров. Вопреки возможной ассоциации с латинским «декан» (должность в университете или церкви), корень здесь чисто славянский, диалектный.

Ономастика указывает на два возможных источника прозвища Декана. Первый — тверской глагол «декаться», то есть «переделывать несколько раз». В этом случае прозвище могли дать либо дотошному мастеру, добивающемуся совершенства, либо, наоборот, нерадивому работнику, который портил дело постоянными переделками. Вторая версия отсылает к глаголу «диковать» (дурить, шалить), а в сибирских говорах — «глядеть в испуге, недоумевая». Соответственно, Деканой могли прозвать как озорного и отчаянного человека, так и, напротив, робкого и пугливого.

Суффикс -ин указывает на типичную для русского севера и центральных областей модель образования фамилии: «чей?» — «Деканин», то есть сын или потомок Деканы. Фамилия немногочисленна и практически не встречается за пределами России, что говорит о её позднем закреплении и локальном бытовании, вероятно, в среде крестьян или ремесленников. Её написание устойчиво, без вариантов вроде «Деканов» — это дополнительный аргумент в пользу происхождения именно от прозвища на -а, а не от семинарской или церковной традиции.