Фамилия Данихнова — редкий пример образования через суффикс -ов- от женского имени, что сразу выделяет её среди более привычных патронимических фамилий. Основа здесь — имя Данихна, которое в русской традиции не встречается, но хорошо объясняется через народные варианты канонического имени Домна. Дело в том, что в разговорной речи имя Домна (от латинского «госпожа») нередко превращалось в Домника, Домнихна, а затем и в Данихна — через замену начального слога под влиянием других женских имён (Даниэла, Дарина) или просто из-за местного говора. Так женское имя Данихна стало основой для фамилии, которую дали по матери или жене: «чей?» — Данихнов, то есть сын или потомок Данихны.

Модель образования «женское имя + -ов» — нетипичная для русских фамилий, где чаще используют суффикс -ин (как в Марьин, Татьянин). Суффикс -ов в сочетании с женским именем встречается в основном на севере и северо-востоке Руси, в частности в Вологодской и Архангельской губерниях. Там патроним могли образовывать от имени матери, если отец был неизвестен или умер рано, либо если женщина вела хозяйство. Поэтому носители фамилии Данихнова, скорее всего, происходят из этих регионов, а их предки в XVII–XVIII веках были крестьянами или посадскими людьми.

Географически фамилия крайне редкая. По данным современных переписей, она встречается единично в Вологодской области и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы уходили в XIX веке. В центральных областях России она почти не фиксируется — это дополнительно подтверждает её северное происхождение.

В написании фамилии возможны варианты: Данихнов (мужской род) и Данихнова (женский). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Дани́хнова, хотя в говорах могло смещаться на первый. Корень «Даних-» не имеет отношения к имени Даниил — это самостоятельная форма, возникшая именно из Домны. Спорных версий здесь немного: некоторые исследователи предполагают связь с диалектным словом «даних» (нечто данное, подаренное), но это гипотеза без серьёзных подтверждений, и от неё стоит отказаться в пользу более надёжного объяснения через женское имя.