Фамилия Делигенский — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает личное прозвище. Основа фамилии — топоним Делиген (или Дилижан), который знаком каждому, кто бывал в Армении. Город Дилижан, расположенный в Тавушской области, дал название целому ряду окрестных сел и урочищ. Человек, переселившийся оттуда в центральные губернии Российской империи, получал прозвание «Делигенский» — то есть «выходец из Делигена». Формант -ский в таких фамилиях типичен для дворянского или духовного сословия, но мог закрепляться и за купцами или мещанами, если они официально приписывались к новому месту жительства.

Менее вероятна, но логически допустима версия, связывающая фамилию с тюркским словом «дели» (безумный, отчаянный, смелый) — такое прозвище могли дать храбрецу. Однако для русского уха это звучало бы как «Дели», а суффикс -енский указывал бы на принадлежность к месту, а не на качество. Поэтому версия с Дилижаном — основная.

Словообразовательная модель проста: корень Делиген- (искаженное от Дилижан) + суффикс -ск- + окончание -ий. В документах XIX века фамилия могла писаться через «и» — Дилиженский или Дилижанский, но в бытовой речи «е» закрепилось из-за аканья и упрощения произношения. Встречаются варианты Делижанский, Делижанов.

Фамилия редкая, в основном встречается у потомков армянских переселенцев, осевших в Москве, Санкт-Петербурге и южных губерниях (Ставрополье, Кубань). В дореволюционных адрес-календарях Делигенские фигурируют среди врачей, юристов и преподавателей — то есть слой интеллигенции, получившей образование в русских университетах. Сословная принадлежность, скорее всего, мещанская или купеческая, реже — личное дворянство за выслугу.