Фамилия Денгубенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась в среде казачества и мещанства. Суффикс -енко в украинской ономастике чаще всего означал «сын» или «потомок» (Денгубенко — буквально «сын Денгуба»). Основа фамилии — прозвище Денгуб, которое само по себе составное и требует разбора.

Первая часть «Ден-» — это, скорее всего, искажённое или диалектное «день» (в украинском — «день», «днi»). Вторая часть «-губ» — от глагола «губить» (разрушать, уничтожать, тратить). Прозвище Денгуб могло означать «тот, кто губит день» — то есть бездельник, лентяй, который проводит время впустую, или же, наоборот, человек, который «убивает время» кропотливой работой (ироничное прозвище). В русских говорах есть слово «деньгубитель» — расточитель, мот, что подтверждает эту версию.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «ден» (море, равнина) или «тен» (тело), но для украинской фамилии с суффиксом -енко это выглядит натяжкой. Прозвища, образованные от бытовых наблюдений (лень, работа, привычки), были распространены в среде простых людей — казаков, крестьян, ремесленников. Поэтому предок носителя фамилии Денгубенко, скорее всего, получил прозвище за нерадивость или, напротив, за привычку работать допоздна.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и восточным областям Украины (Черкасская, Полтавская, Сумская области), что характерно для фамилий на -енко. В России встречается единично, в основном среди потомков переселенцев с Украины. Вариант написания «Денгубенко» — единственно верный для украинской модели, без перехода в русское «Денгубов» или «Денгубин», что говорит о сохранении исходной формы.