Фамилия Дерксен имеет германское происхождение и восходит к англо-германскому dirk – «длинный кинжал с прямым лезвием, шотландский кинжал, кортик». Вероятно, предок обладателя данной фамилии был воином или охотником. Конечный элемент фамилии представляет собой обычное для немецких фамилий добавление «sohn», то есть «сын». Следовательно, буквально фамилия Дерксен расшифровывается, как «сын воина». Не исключено, что в основу фамилии легло и голландское слово dier – «животное, зверь».