Фамилия Дерксен — одна из тех, где внешне простая форма скрывает сразу несколько возможных историй. В основе почти наверняка лежит германский или нидерландский корень, а сама фамилия построена по типичной для немецкого языка модели: к основе добавляется элемент «-sen», который является сокращением от «Sohn» (сын). То есть Дерксен буквально означает «сын Дерка» или «сын того, кого звали Дерк».

Самая прямая версия связывает фамилию с именем Дерк (Dirk) — краткой формой имени Дидерик (Diederik), которое восходит к древневерхненемецкому Theodoric, что значит «правитель народа». В этом случае Дерксен — это «сын Дерка», то есть сын человека, носившего это имя. Имя Дерк было особенно распространено в Нидерландах и северной Германии, поэтому географически фамилия скорее всего привязана к этим регионам.

Вторая версия, которую приводят как альтернативу, отталкивается от значения самого слова «dirk» — так в английском и немецком языках называют длинный прямой кинжал, шотландский кортик. Если предок получил прозвище Дерк за то, что носил такое оружие или владел им, то фамилия Дерксен могла означать «сын того, кто носит кортик», то есть сын воина или охотника. Эта версия менее вероятна: обычно фамилии на «-sen» образуются от личных имён, а не от названий предметов, но полностью исключать её нельзя — в прозвищах бывает всякое.

Есть и третья, более спорная гипотеза, которая выводит основу из голландского «dier» — «животное, зверь». В этом случае Дерксен мог означать «сын зверя» или «сын того, кого прозвали Зверем» — например, за силу или дикий нрав. Но эта версия слабее остальных: переход «dier» в «derk» фонетически неочевиден, и в нидерландских фамилиях на «-sen» такая основа встречается крайне редко.

Фамилия Дерксен нечасто встречается за пределами Германии и Нидерландов. В России она могла появиться вместе с переселенцами-немцами в XVIII–XIX веках или через прибалтийских немцев. В любом случае, её носитель может с высокой долей уверенности считать, что его предки жили на землях между Рейном и Эльбой или в Нидерландах, а сама фамилия — это отчество, указывающее на имя или прозвище первого известного предка.