Фамилия Добенька — редкий случай, когда фамилия сохранила исходную уменьшительную форму прозвища, а не превратилась в притяжательное прилагательное на -ов или -ин. В основе лежит украинское или белорусское слово «добень» — так в некоторых говорах называли доброго, покладистого человека, реже — простака или добряка. Суффикс -к- в данном случае не фамильный (как в фамилиях Добенко, Добин), а словообразовательный: он входил в состав самого прозвища Добенька, которое затем закрепилось как наследственное имя. Это типично для восточнославянских фамилий, образованных от прозвищ в форме именительного падежа единственного числа — их чаще всего встречаем у украинцев и белорусов.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. По данным переписей XIX — начала XX века, Добенька фиксируется в Подольской и Волынской губерниях, а также среди переселенцев на Кубани. В центральной России она почти не встречается: там от той же основы образовали бы фамилию Добеньков или Добин. Само прозвище Добенька могло звучать иронично — так называли человека, чья доброта граничила с простодушием или нерешительностью. В украинском фольклоре «добень» иногда выступает синонимом «телепня» или «роззяви», но без злой насмешки.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «добить» (докончить, ударить) или существительным «добень» в значении «удар, толчок». В этом случае прозвище мог получить человек с резкими движениями или тот, кто работал молотобойцем. Но семантика «добрый» выглядит убедительнее: фамилии с корнем доб- почти всегда восходят к положительным качествам, и Добенька здесь не исключение. Сомнительно и сближение с польским «dęb» (дуб) — для этого потребовались бы фонетические натяжки.

В отличие от массовых фамилий, Добенька почти не дала ответвлений. В документах встречаются варианты написания Добенько (под влиянием украинской модели), но это уже другая фамилия. Носители Добеньки, судя по архивным записям, были в основном крестьянами и мещанами, реже — казаками. Социального взлёта фамилия не знала, но сохранила живую связь с прозвищем, которое когда-то дали предку за его характер.