Фамилия Додунова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Додунов, образована по типичной восточнославянской модели «прозвище + суффикс -ов». Суффикс указывает на принадлежность: Додунов — сын Додуна, то есть человека, носившего прозвище Додун.

Корень «дод-» в русских говорах чаще всего связан со звукоподражанием. В словаре Владимира Даля «додон» — это человек, который невнятно говорит, мямлит, бормочет, или же тот, кто постоянно повторяет одно и то же, «додонит». Вторая версия, менее распространённая, возводит прозвище к тюркскому «додан» (дятел) — и тогда прозвище могли дать болтливому или настойчивому человеку. Правдоподобнее первая версия: она подтверждается живыми диалектными глаголами «додонить» (тверская, псковская группы говоров) и «додон» как именем сказочного персонажа, пустомели.

Географически фамилия Додунов встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это указывает на то, что прозвище бытовало именно в северных и среднерусских говорах. Предок-Додун мог быть незлобивым балагуром или, наоборот, надоедливым говорунчиком, но в любом случае — человеком, чья манера речи запомнилась окружающим.

Социальный состав носителей фамилии типичен для крестьянского и посадского населения, поскольку прозвища по речевым особенностям давали в простонародной среде, а не в дворянской. Дворянские фамилии чаще образовывались от календарных имён или географических названий. Так что Додуновы — потомки тех, кто жил в деревне или посаде и получил фамилию по уличному прозвищу, закрепившемуся в документах XVII–XVIII веков.