Фамилия Дохунаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения, что сразу делает её интересной для этимолога. В ней нет привычного корня, указывающего на профессию или внешность, и её значение приходится восстанавливать по косвенным данным.

Скорее всего, основа фамилии — тюркское или кавказское слово. Суффикс «-аев» указывает на восточное происхождение (ср. фамилии Бекмурзаев, Ахмадуллаев), где «-а» — часто часть основы, а «-ев» — русский патронимический суффикс, добавленный при адаптации. Корень «дохун» или «дохуна» мог иметь несколько значений. В тюркских языках есть слово «дохун» (или «тухун») в значении «остановка», «стоянка», «привал». В таком случае прозвище Дохуна могли дать человеку, который жил на перепутье, при дороге, или же владельцу постоялого двора. Вторая версия связывает фамилию с чеченским или ингушским словом «доху» — «кузнец». Суффикс «-на» в чеченском языке может образовывать имя деятеля, то есть «Дохуна» — это буквально «кузнец». Тогда Дохунаев — потомок кузнеца, что логично вписывается в модель образования многих фамилий народов Кавказа, где ремесло становилось родовым именем.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и прилегающим регионам. Встречается среди чеченцев, ингушей, а также у кумыков и ногайцев. В русских документах XIX — начала XX века её могли записывать с искажениями: Дохунаев, Дохунaев, реже — Дахунаев. Встречается вариант с ударением на последний слог, что характерно для заимствованных фамилий, адаптированных русским языком.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или ремесленной, хотя не исключено, что родоначальник мог быть и зажиточным горцем, владевшим кузницей или постоялым двором. Дворянских корней у этой фамилии, по всей видимости, нет — она не встречается в родословных книгах Российской империи.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что делает Дохунаева уникальной в своей основе. Если ваша фамилия — Дохунаев, то с высокой вероятностью ваши предки были либо кузнецами, либо содержателями постоялых дворов на торговых путях Кавказа.