Фамилия Докукена — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — не славянское прозвище, а литовское имя или прозвище Dokuka, которое в свою очередь восходит к балтскому корню dok- со значением «долг, обязанность» (ср. лит. dokas). Такие фамилии на -ена характерны для белорусско-литовского пограничья, где под влиянием польской и литовской антропонимии возникла модель образования фамилий с суффиксом -еня (бел.) или -ėnas (лит.). В русской передаче это закономерно превратилось в -ена.

Формант -ена указывает на принадлежность или происхождение: Докукена — буквально «сын (или потомок) Докуки». Это так называемая патронимическая фамилия, но не по отцу, а по родовому прозвищу. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, такая модель встречается в основном у потомков литовских или ятвяжских родов, живших на территории современных Гродненской, Брестской областей и прилегающих районов Польши.

Вторая, менее вероятная, версия выводит основу из украинского или белорусского диалектного слова «докука» — «докучать, надоедать». В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком с навязчивым, назойливым характером. Но против этого говорит окончание -ена: в восточнославянских фамилиях от прозвищ на -а обычно образуются формы на -ин (Докукин), а суффикс -еня в чистом виде — явный балтизм.

Социальный срез фамилии типичен для мелкой шляхты или зажиточных крестьян Великого княжества Литовского. Носители фамилии Докукена, скорее всего, были не крепостными, а лично свободными людьми — однодворцами или «выборными» крестьянами, сохранившими родовое прозвище в неизменной форме. В современных базах данных фамилия встречается единично, преимущественно в Беларуси и на северо-западе России, что подтверждает узкорегиональный характер её бытования.