Фамилия Долгошенко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках в Поднепровье означал «сын» или «потомок». Такие фамилии сначала закреплялись за казаками и крестьянами, а позже стали самыми массовыми на Левобережной и Слободской Украине. Основа здесь — прозвище Долгоша, которое, в свою очередь, образовано от прилагательного «долгий» с уменьшительным суффиксом -ош-. В украинских говорах «долгий» означало не только «длинный», но и «высокий» или «медлительный». Вряд ли прозвище относилось к длине носа или рук — скорее, к росту: Долгошей называли очень высокого человека.

Фамилия Долгошенко нечастая, но не уникальная. Её ближайшие «родственники» — Долгушенко и Долгоша, причём Долгоша могло быть как прозвищем, так и самостоятельной фамилией, от которой через суффикс -енко образовали новую. В русских фамилиях на -ов/-ев такой модели нет: там «долгий» дал бы Долгова или Долгих. Украинский суффикс -енко сохранил исходное прозвище почти без изменений, только прибавив к нему указание на родство.

Встречается Долгошенко в основном в южных и центральных областях Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами или мещанами, но точных данных о сословной принадлежности по всем ветвям нет. Зато можно предположить, что родоначальник выделялся среди односельчан ростом — прозвище Долгоша было описательным, а не обидным.

Споров вокруг этимологии почти нет: основа прозрачна, суффикс типичен. Единственная альтернативная версия — связь со словом «долг» (должник), но она фонетически слабая: в украинском «долг» звучит как «борг», а «долгий» — «довгий». Поэтому версия с ростом остаётся единственной правдоподобной.