Фамилия Дондерфер образована от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от топонима Дондерф. Так называется маленький городок, расположенный между Кельном и Дюссельдорфом. Также не исключено, что эта фамилия связана с названием немецкой коммуны Донндорф (Унструт), которая находится в земле Тюрингия. Суффикс -ер в немецком языке используется при образовании топонимических прозвищ, то есть именований, указывающих на место жительства человека. Исходя из этого, можно предположить, что Дондерфером прозвали выходца из города Дондерф или коммуны Донндорф.