Фамилия Доногуев происходит от личного имени или прозвища Доногуй. Его основа — черкесское слово «дэнагъу», то есть «светло-коричневый». Скорее всего, прозвище описывало внешность человека, а именно русый цвет волос.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Доногуй добавили русский патронимический суффикс -ев. Такая схема типична для фамилий, которые возникли на Кавказе и в казачьих областях, где адыгские (черкесские) корни адаптировались под русскую фамильную форму. Суффикс -ев, а не -ов, появился из-за мягкого звука [й] в конце основы.

Фамилия редкая, её географическое распространение узкое. Чаще всего носители встречаются в Кабардино-Балкарии и соседних регионах Северного Кавказа, а также в среде потомков терских или кубанских казаков, которые контактировали с черкесским населением. В центральной России фамилия почти не бытует.

Стоит заметить, что в адыгских языках слово «дэнагъу» могло относиться не только к цвету волос, но и к масти лошади или оттенку шерсти животных. Поэтому прозвище Доногуй иногда давали не человеку, а, например, конезаводчику или пастуху, чьи подопечные выделялись необычной мастью. Однако версия с указанием на внешность самого человека всё же правдоподобнее: личные прозвища по цвету волос — один из самых распространённых типов в любой культуре.

Других убедительных гипотез происхождения нет. Сближение с тюркскими корнями (например, с «дон» — река) лингвистически слабо, поскольку фонетика и значение черкесского источника объясняют фамилию без натяжек.