Фамилия Доняева — женская форма фамилии Доняев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Доня. В русской ономастике фамилии на -ев/-ов образуются от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или на -й. Здесь основа «Дон-» с суффиксом -я, который в разговорной речи мог выполнять уменьшительно-ласкательную или прозвищную функцию. То есть Доня — это сокращённая форма от какого-то полного имени.

Самый вероятный источник — крестильное имя Донат (от латинского donatus — «дар», «подаренный»). В быту Доната могли называть Доней, подобно тому как Иван превращается в Ваню, а Пётр — в Петю. Вторая возможная версия — происхождение от реки Дон: прозвище Доня могли дать человеку, жившему на Дону, пришедшему оттуда или имевшему с рекой какую-то связь. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Доняев встречается в южнорусских областях, в частности в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, где Дон — главная водная артерия. Третья, менее распространённая версия — от тюркского слова «дон» (река, вода) через прозвище, но это уже область предположений без чётких исторических подтверждений.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Доняев), то есть сын или потомок Дони. По сословному составу носители фамилии в основном относились к крестьянам и однодворцам — об этом говорят архивные записи XIX века из Воронежской губернии. Встречается и вариант Доняева с ударением на второй слог, хотя чаще произносят с ударением на первый.

Известных широкой публике носителей фамилии нет, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги или в культурную элиту. Зато это даёт возможность потомкам Доняевых самостоятельно восстанавливать свою генеалогию: отправная точка — юг России и имя Донат.