Фамилия Дубоенко звучит на слух как что-то плотное, основательное, и это ощущение не обманывает. Её основа — корень «дуб-», который в русских и украинских фамилиях обычно указывает либо на физическую силу и крепость человека («крепкий, как дуб»), либо на место жительства возле дубравы. Однако ключевую роль здесь играет суффикс, который сразу выдаёт географию фамилии.

Суффикс -енко — это классический украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». В отличие от русского -ов/-ев, который закреплял за человеком принадлежность отцу (Иван — Иванов), -енко образовывало прозвище или фамилию по принципу «чей?»: Дубоенко — это буквально «сын Дубоя» или «потомок Дубоя». Такая модель была массово распространена в Левобережной Украине, особенно на территории бывшей Гетманщины (Черниговская, Полтавская, Сумская области), и позже закрепилась как фамилия.

Само прозвище Дубой (или Дубай) могло возникнуть двумя путями. Первый — от прозвища «Дуб» с добавлением уменьшительного или пренебрежительного суффикса -ой (как в фамилиях Толстой, Кривой). Второй, более вероятный, — от глагольной основы: «дубасить» или «дубеть». Человек, которого прозвали Дубоем, мог быть либо медлительным и «дубовым» в движениях, либо, наоборот, драчуном, который «дубасил» всех подряд. В казацкой среде такие прозвища были обычным делом — их давали за характер или поступок, а не за профессию.

Отдельного внимания заслуживает редкая для этой модели огласовка: не «Дубенко» (что было бы прямым «сыном Дуба»), а именно «Дубоенко». Это указывает на то, что в основе лежало не имя, а именно прозвище с окончанием -ой, которое при склонении дало форму «Дубоя». То есть фамилия сохранила архаичную черту украинского словообразования, когда патроним образовывался от полной формы прозвища в родительном падеже: Дубой → сын Дубоя → Дубоенко.

Сословно носители фамилии в XVIII–XIX веках относились в основном к казацкой старшине или крестьянам. Дубоенко не встречается среди дворянских родов, внесённых в родословные книги, но часто фиксируется в ревизских сказках Полтавской и Черниговской губерний как фамилия казаков и посполитых. В современной России фамилия редкая, встречается в основном на юге и в центральных областях, куда переселялись украинцы в ходе столыпинской аграрной реформы.

Если коротко: Дубоенко — украинская фамилия, образованная от прозвища Дубой (крепкий, медлительный или драчливый человек), с типичным для Левобережной Украины суффиксом -енко. Никакой тайны, кроме того, что за этим прозвищем стоял живой человек с характером.