Фамилия Дукенбаев — классический пример тюркской модели фамилий, которая сложилась в казахской и других родственных средах. В её основе лежит личное имя Дукенбай, где вторая часть «бай» означает «богач», «хозяин», «господин». В дореволюционной степи это был частый компонент имени, указывавший на состоятельность, вес в роду или пожелание благополучия. Первая часть — Дукен — более спорная. Вероятнее всего, это арабское слово «дүкен» (магазин, лавка), заимствованное через персидский и тюркские языки. Имя Дукенбай могли дать сыну торговца или в семье, владевшей лавкой, но не обязательно в прямом смысле: в кочевой культуре так могли назвать ребёнка, родившегося в месте, где стоял торговый ряд, или просто в честь деда-купца.

Суффикс «-ев» — это русское окончание, которое добавили при оформлении фамилии в официальных документах Российской империи и СССР. В исконной тюркской форме фамилия звучала бы как Дукенбайулы (сын Дукенбая). Таким образом, Дукенбаев — это «сын Дукенбая», и фамилия напрямую говорит о том, что предок носителя был человеком по имени Дукенбай.

Географически фамилия почти целиком привязана к Казахстану, особенно к южным и западным областям. Встречается она и у татар, но реже. В отличие от русских фамилий на «-ов», которые могли произойти и от прозвища, и от профессии, здесь путь прямой: от личного имени с пожелательным смыслом. Никакой другой, более древней, основы вроде славянского корня у неё нет — это чисто тюркская патронимическая фамилия.

Интересная деталь: в казахском языке слово «дүкен» имеет и переносное значение — «шум», «суета», «базар». Поэтому некоторые исследователи допускают, что Дукенбаем могли назвать беспокойного, крикливого ребёнка. Но это лишь гипотеза: основная версия — торговая, и она подкрепляется тем, что в казахской ономастике есть целый ряд имён с компонентом «дүкен» (Дүкен, Дүкенбек), что указывает на устойчивый, а не случайный прозаический смысл.