Фамилия Дукенова — женская форма, образованная от мужской фамилии Дукенов. В основе лежит мужское личное имя или прозвище Дукен, которое в русской традиции могло возникнуть несколькими путями, и самый вероятный из них — тюркский. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — сын Дукена, внук Дукена. Такая модель типична для русских фамилий, которые в XIX веке массово присваивались народам Поволжья, Приуралья и Казахстана, где тюркские имена оформлялись русскими окончаниями.

Имя Дукен, скорее всего, восходит к казахскому или татарскому слову «дүкен» — «лавка, магазин, торговое заведение». В таком случае прозвище Дукен могли дать человеку, державшему лавку, торговавшему в рядах, либо по названию места жительства — «тот, кто живёт у лавки». В ономастике это объяснение надёжнее, чем гипотетическая связь с арабским «дукан» в значении «дым» или «туман», которая не подтверждается ни бытовой, ни документальной традицией.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от диалектного русского слова «дука» или «дук» — так в некоторых говорах называли мастера, умельца, ловкого человека. Однако у этой гипотезы мало доказательств: фамилии на -енов с такой основой редки, а география фамилии Дукенов в современных базах данных (Оренбуржье, Астраханская область, Казахстан) указывает на тюркоязычную среду.

Фамилия Дукенова — одна из тех, что закрепилась в XIX–XX веках, когда оседлые и полукочевые народы получали фамилии по именам старших в роду. Носительница этой фамилии, скорее всего, происходит из семьи, где предок был торговцем или владельцем лавки, либо просто получил уличное прозвище по месту работы. Ударение в фамилии, по аналогии с большинством фамилий на -ов, падает на первый слог — Дýкенова, хотя в устной речи встречается и вариант Дукéнова.