Фамилия Духликер — редкая и необычная для русского уха. Её основа и модель образования сразу наводят на мысль о немецком или еврейском (ашкеназском) происхождении. Суффикс -ер характерен для фамилий, возникших в немецкоязычной среде, особенно на территории бывшей Австро-Венгрии, Пруссии или в еврейских местечках Восточной Европы. В русском языке такие фамилии нередко оставались без изменений, лишь подстраиваясь под местное произношение.

Корень «Духлик» — это, вероятнее всего, вариант фамилии Духлик (Duchlík). В чешском, словацком и польском языках слово «duch» означает «дух», а суффикс -lík/-lik образует уменьшительную форму. Таким образом, Духлик — это «маленький дух», «душок». Фамилия могла возникнуть как прозвище для человека с лёгким, воздушным характером, либо, напротив, для того, кого считали хитрым, неуловимым, «как дух». В польской традиции встречается фамилия Duchlik, которая могла быть связана с прозвищем от слова «duch» в значении «дыхание» или «привидение».

Вторая часть фамилии, -ер, в немецком и идише часто указывает на профессию или принадлежность к месту. Однако в случае с Духликер суффикс мог просто превратить прозвище в фамилию по модели «сын того, кого звали Духлик». То есть Духликер — это «потомок Духлика». Такая модель распространена среди еврейских фамилий, где к основе добавляли -ер (например, Шустер — сапожник, но и Ковалер — потомок Коваля). В немецком варианте фамилия могла бы быть Duchliker, что указывало бы на выходца из места под названием Духлик (гипотетический топоним), но это менее вероятно, так как географических названий с таким корнем почти нет.

Написание с буквой «к» (Духликер, а не Духлигер) говорит о том, что фамилия передавалась через устную речь и записывалась на слух, скорее всего, в Российской империи, где немецкие и польские фамилии часто русифицировали, сохраняя глухой согласный. В метрических книгах можно встретить варианты Духликир, Духликеръ.

Итак, наиболее вероятная версия: фамилия Духликер — это фамилия-прозвище, образованная от уменьшительной формы слова «дух» с добавлением патронимического суффикса -ер. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, жили на территории современной Польши, Чехии или западной Украины, а сама фамилия закрепилась в еврейской или немецкой среде. Точных исторических записей о конкретных носителях фамилии Духликер в открытых источниках нет, что лишь подтверждает её редкость.