Фамилия Дукшина — женская форма фамилии Дукшин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Дукшин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Дукша. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён, и встречается в центральных и северных регионах России.

Основа фамилии — Дукша. Это слово в русских говорах имело два основных значения. Первое — «дука» или «дукша» в диалектах означало «гордый, важный, недоступный человек», иногда с оттенком «зазнайка». Второе значение — «дукать» (говорить невнятно, бормотать) — могло дать прозвище тому, кто говорил тихо или неразборчиво. Оба варианта правдоподобны, но первое, с оттенком характера, встречается в ономастических источниках чаще: в словаре Б. Унбегауна подобные прозвища от прилагательных характера — обычное дело.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с литовским или белорусским корнем, где «dukti» означает «дочь». В таком случае Дукша могло быть уменьшительной формой имени Дукта или прозвищем, данным по родству. Но для русской фамилии это скорее исключение: география фамилии Дукшины (по данным переписей XIX века) сосредоточена в Вологодской, Костромской и Архангельской губерниях — там, где балтийские влияния минимальны.

Интересная деталь: фамилия Дукшин встречается реже, чем её однокоренные аналоги вроде Дукин или Дуков. Это говорит о том, что прозвище Дукша было локальным, не получившим широкого распространения. Предки современных Дукшиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных регионов России, и фамилия закрепилась за ними по имени или прозвищу главы семьи в XVI–XVII веках, когда шёл массовый процесс оформления фамилий у непривилегированных сословий.