Фамилия Дуненков — отчество второго порядка. Сначала было прозвище или имя Дуня, от него образовали патроним Дуненко (в восточноукраинской традиции с суффиксом -енко), а уже затем, при переходе в великорусскую среду, добавили типичный русский суффикс -ов, чтобы получить фамилию Дуненков. Таким образом, Дуненков — это внук, а точнее «сын Дуненко».

Откуда взялась сама Дуня? Тут две версии, и обе имеют право на существование. Первая: Дуня — это народная, сокращённая форма имени Авдотья, которое, в свою очередь, произошло от греческого Евдокия («милая», «превосходная»). Вторая, более редкая и потому интересная: в некоторых говорах «дуней» называли дыню. Прозвище Дуня могли дать бахчеводу, торговцу дынями или просто любителю этого лакомства. Суффикс -енко в основе указывает на то, что корни фамилии, скорее всего, с Восточной Украины или южнорусских земель, где была сильна украинская антропонимическая традиция.