Фамилия Дуненкова — женская форма фамилии Дуненков, а та, в свою очередь, образовалась как отчество второго порядка. Сначала было личное имя или прозвище Дуня, от него произошло отчество Дуненко (сын Дуни), а затем уже — Дуненков (внук Дуни). Суффикс -енко в основе указывает на восточноукраинские земли: именно там такие модели фамилий были особенно распространены.

Что скрывается за основой Дуня? Самый прямой путь — к имени Авдотья, народной форме канонического имени Евдокия. В переводе с греческого оно означает «превосходная», «милая». В быту Евдокию часто называли Дуня, и это имя давало множество производных фамилий.

Однако есть и другая версия: в диалектах словом «дуня» называли дыню. Прозвище Дуня могли дать хозяину бахчи или торговцу дынями на рынке. Такие прозвища по роду занятий — частый источник фамилий, и эта версия не менее правдоподобна, чем имя.

Фамилия Дуненкова, как и многие фамилии на -енков, закрепилась в письменных источниках довольно поздно. Точное место и время появления конкретного рода Дуненковых можно установить только по генеалогическим документам: метрическим книгам, ревизским сказкам. В любом случае, человек с такой фамилией — потомок того самого Дуни, будь то крестьянка Авдотья или бахчевод с юга.