Фамилия Дуненков — один из тех случаев, где за привычным звучанием скрывается спор о происхождении. Главная версия относит её к метронимическим фамилиям, то есть образованным от женского имени. В основе здесь лежит имя Дуня — народная, сокращённая форма канонического имени Евдокия (в просторечии — Авдотья). С греческого Εὐδοκία переводится как «благоволение» или «добрая слава», так что первая версия связывает фамилию с женщиной, которую звали Дуней, и её потомками.

Но есть и вторая, более редкая гипотеза. Дуней в старину могли прозвать и мужчину — по сходству с дыней. Такое прозвище давали либо хозяину бахчи, либо торговцу на рынке, либо просто круглому, полному человеку. Если эта версия верна, фамилия Дуненков могла зародиться только на юге России или на Украине — в регионах, где выращивали бахчевые культуры. Там же, кстати, активно использовали суффикс -енко, который в фамилии Дуненков играет ключевую роль.

Словообразовательная цепочка выглядит так: сначала было имя или прозвище Дуня. От него образовали отчество Дуненко — буквально «сын Дуни». А уже от этого отчества, по модели «чей внук?», появилась фамилия Дуненков. Суффикс -енко традиционно связывают с восточноукраинскими землями, поэтому географический след ведёт именно туда. В русском варианте фамилия могла бы звучать как Дунин, но форма Дуненков сохранила украинский след.

Из двух версий метронимическая (от имени Евдокия) выглядит правдоподобнее: такие фамилии встречаются чаще, чем прозвищные от названия овощей. Но полностью исключать «дынную» гипотезу нельзя — она объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения в северных областях.