Фамилия Даненкова — женская форма фамилии Даненков, и её разбор стоит начать с суффикса. Мужской вариант оканчивается на -ов, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, заканчивающихся на согласный. Но основа здесь — «Даненк-», что указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени Даня (от Даниил) с суффиксом -енк-. В русской ономастике суффикс -енк- характерен для украинской и южнорусской традиции, где он означал «маленький» или «сын»: Даненко — буквально «маленький Даня» или «сын Дани». Фамилия Даненков, таким образом, — это русифицированный вариант украинской фамилии Даненко, адаптированный под русскую модель фамилий на -ов.

Корень фамилии восходит к каноническому имени Даниил, что в переводе с древнееврейского значит «Бог мой судья». Имя было популярно на Руси после принятия христианства, и его производные — Даня, Данко, Даненок — дали начало множеству фамилий: Данилов, Даньшин, Данченко. Фамилия Даненкова стоит в одном ряду с такими, как Даненко, Даненков, и встречается реже, чем, скажем, Данилов, что говорит о её более локальном бытовании. В XIX веке носители фамилии Даненковы могли быть выходцами из южных губерний Российской империи, где суффикс -енк- был распространён, а затем переселились в центральные или северные регионы, где фамилию «обрусили», добавив -ов.

Географически фамилия Даненкова сегодня встречается в России и Беларуси, но не образует крупных гнёзд. В дореволюционных переписях она могла фиксироваться у крестьян или мещан, так как фамилии на -ов, образованные от уменьшительных имён, часто давали простым людям, а не дворянам. Альтернативная версия — что основа «Даненк» происходит не от имени, а от прозвища «Даня» (от глагола «дать» или слова «дань»), но это менее вероятно: в контексте антропонимии уменьшительные формы имён дают гораздо больше фамилий, чем прозвища от нарицательных слов. Таким образом, предки человека с фамилией Даненкова — скорее всего, потомки человека по имени Даня или Даниил, которого в быту звали Даненком, что и закрепилось в фамилии.