Фамилия Дунгенова — редкий случай, где географический корень почти очевиден, а вот путь, которым он стал фамилией, заставляет задуматься. Скорее всего, в основе лежит название реки Дунген (или Дунганка) — такие гидронимы встречаются в Сибири, в частности в бассейне Енисея. Если предок получил прозвище по месту жительства — «живущий на Дунгене», — то фамилия образована по стандартной модели: от прозвища Дунген через суффикс -ов, с женским окончанием -а.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с этнонимом «дунгане» (китайские мусульмане, переселившиеся в Среднюю Азию в XIX веке). Однако для русского ономастикона это нетипично: фамилии от этнонимов обычно образуются через суффикс -ин (Дунганин) или -ский (Дунганский), а не через -ов. К тому же массовых браков между русскими и дунганками в дореволюционный период не зафиксировано, так что эта гипотеза слабая.

Обратите внимание на суффикс -ов: он указывает на патронимическую модель, типичную для русских фамилий второй половины XIX века. Значит, носитель фамилии был крещёным или, как минимум, интегрирован в русскую культуру. Сама фамилия недвусмысленно женская по окончанию (Дунгенова), а мужской вариант — Дунгенов.

В словарях (например, у Б. Унбегауна) такой основы нет, что подтверждает её локальный характер. Скорее всего, фамилия возникла в одном из сибирских сёл, где речка Дунген протекала через земли, и закрепилась за одной-двумя семьями. Сегодня она встречается редко, в основном в Красноярском крае и соседних регионах.