Фамилия Дункель — это пример немецкого прозвища, которое в прямом смысле описывало человека. В основе лежит немецкое прилагательное dunkel — «тёмный», «сумрачный» или «мрачный». В переносном значении это слово могло означать и «подозрительный», «сомнительный», так что прозвище могло указывать либо на внешность (смуглый, темноволосый), либо на угрюмый нрав, либо даже на неясное, тёмное прошлое.

Фамилия образована без суффикса — так называемым «чистым» способом, когда прозвище перешло в фамилию без изменений. Это типично для немецких фамилий, но в русском контексте Дункель — редкий случай. В России такие фамилии обычно получали немцы-колонисты, переселившиеся в XVIII–XIX веках по приглашению Екатерины II. Они оседали в Поволжье, на юге Украины, в Причерноморье и под Петербургом.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что в немецком языке есть и топонимические варианты: например, Дункельберг (Dunkelberg — «тёмная гора») или Дункельман (Dunkelmann — «тёмный человек»). Но сама фамилия Дункель встречается и в Германии, и у российских немцев. В России она могла немного изменить написание или произношение, но корень остался тем же.

Если предок носителя фамилии был выходцем из немецких земель, его прозвище скорее всего дали односельчане за характер или внешность, а затем оно закрепилось как фамильное имя. В русской среде фамилия не склоняется, что тоже подчёркивает её иноязычное происхождение.