Фамилия Дункин образована от имени Дунка — так в быту называли человека, которого крестили именем Дункан. Это имя, в свою очередь, пришло из Шотландии и Ирландии (Duncan — «смуглый воин» или «коричневая голова»). В русской среде имя Дункан не было каноническим, но встречалось среди иностранцев, поступавших на русскую службу, или потомков шотландских наёмников, которые в XVII–XVIII веках оседали в России. Уменьшительная форма Дунка — типичный для восточнославянской традиции способ «обрусить» чужое имя.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Дункин — «сын Дунки» или «человек из семьи Дунки». Такая модель характерна для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще давали по отцу, -ин мог закрепляться и за прозвищем матери или жены, но в случае с Дункиным основа мужская.

Поскольку имя Дунка — редкое, фамилия Дункин не получила широкого распространения. Встречается она в основном на северо-западе России, в бывших новгородских и псковских землях, а также среди староверов, которые иногда сохраняли необычные имена в качестве родовых прозвищ. В некоторых случаях фамилию могли дать и по прозвищу Дунка, которое в говорах означало «дурак» или «простак», но эта версия менее вероятна: слово «дунка» в таком значении не зафиксировано в диалектных словарях как устойчивое.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Дунькин, Дуняшин — показывает, что все они восходят к разговорным формам имени Евдокия. Однако Дункин стоит особняком: в основе лежит не женское имя, а мужское западное. Поэтому носитель фамилии Дункин с высокой вероятностью имеет среди предков выходца из Шотландии или Ирландии, который обосновался в России и получил «русифицированное» отчество.