Фамилия Дунькины — редкий случай метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В основе лежит женское имя Авдотья, народная форма церковного имени Евдокия. В переводе с греческого оно означает «превосходная», «милая». В быту это имя сокращали до Дуня, а в просторечии — до Дунька. От этой уменьшительной формы и пошла фамилия: Дунька + суффикс -ин, который указывал на принадлежность («чей?» — Дунькин сын, Дунькины дети).

Однако есть и другая версия, которую поддерживают диалектные словари. В южнорусских и украинских говорах «дуней» или «дунькой» называли дыню. Если предок жил в регионах, где выращивали бахчевые, прозвище Дуня могло достаться хозяину бахчи или торговцу дынями. В пользу этой версии говорит то, что фамилия действительно чаще встречается в южных областях России и на востоке Украины, где климат позволял возделывать бахчевые культуры.

Суффикс -ин указывает на древнюю модель образования фамилий, характерную для центральной и северной Руси. Но в случае с Дунькиными привязка к южным говорам заставляет заподозрить, что фамилия могла сформироваться именно на территории современной Украины или Черноземья, где суффикс -ин тоже был распространён, но словообразовательная база оказалась иной.

Спор между двумя этимологиями — именной и прозвищной — решается в пользу первой: метронимические фамилии в русском языке встречаются реже отчественных, но они существовали, особенно если мать была вдовой или играла ключевую роль в хозяйстве. Тем не менее, прозвище от названия дыни — не менее правдоподобная гипотеза, особенно если учесть, что в тех же говорах «дунька» могло означать ещё и «толстушка» или «неповоротливая женщина», что тоже могло стать основой для прозвища.

Фамилия Дунькины — наглядный пример того, как за простым звучанием могут скрываться разные пласты истории: и народные формы крестильных имён, и диалектная лексика, и особенности хозяйственного уклада отдельных регионов.