Фамилия Дунь ставит перед исследователем несколько загадок одновременно. В самом простом и распространённом случае её основа — это народная форма крестильного имени Феодор. Феодор в переводе с греческого означает «дар Божий», а его уменьшительная форма Дунь в русских говорах звучала естественно и обиходно. Одним из небесных покровителей этого имени считается великомученик Феодор Стратилат, военачальник, который, по преданию, убил змея, опустошавшего окрестности города Евхаит в Малой Азии, а позже обратил многих жителей Гераклеи в христианство и принял мученическую смерть при императоре Лицинии.

Однако имя Дунь могло образоваться и от другого греческого имени — Евдоким, что значит «славный». Такая двойственность происхождения характерна для многих кратких форм, где один и тот же звуковой ряд мог закрепиться за разными полными именами.

Но на этом история фамилии не заканчивается. Вполне вероятно, что фамилия Дунь берёт начало не от имени, а от прозвища. Глагол «дуть» дал жизнь слову «дунь» — так в старину называли человека обидчивого, гордого или, напротив, плотного, грузного телосложения. Прозвище могло закрепиться за человеком с заметной внешностью или характером и перейти к потомкам без каких-либо суффиксов, что для русских фамилий редкость, но встречается.

Наконец, существует версия, связывающая фамилию Дунь с восточными корнями. Она может быть вариантом фамилии Дун, восходящей к китайскому иероглифу, означающему «движение» или «действие». По другой версии, прозвище Дун давали воину, который пользовался особым китайским щитом — дуном. Или же именование могло указывать на принадлежность к народу дун, одному из кам-суйских народов юга Китая, потомков древнего племени байюэ, сохранивших традиционные верования. В этом случае речь идёт о совсем другом ареале происхождения, но фамилия Дунь в русском контексте могла возникнуть как вариант записи или русификация исходного имени.