Фамилия Дунин чаще всего образована от женского имени Авдотья — народной формы имени Евдокия. В переводе с греческого Евдокия означает «превосходная» или «милая». В русском быту имя Авдотья сокращалось до коротких домашних вариантов: Дуня, Дуняша. От этого ласкового прозвища и пошла фамилия Дунин. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын Дуни» или «человек из семьи Дуни».

Встречается и другая версия: будто бы прозвище Дуня в старину давали дыне — бахчевой культуре. Но эта гипотеза слабая. Дыни и другие бахчевые были мало распространены на Руси, а фамилия Дунин встречается у русских довольно часто. Поэтому объяснение через женское имя выглядит гораздо правдоподобнее.

Фамилия Дунин — не из редких. У неё есть однокоренные «собратья»: Дуняев, Дуняшин, Дуняков. Все они, скорее всего, восходят к тому же корню — имени Авдотья. С точки зрения географии, Дунины встречаются по всей центральной России, что тоже говорит в пользу массового, а не единичного прозвищного происхождения от имени.

По социальному составу носители фамилии Дунин в прошлом не принадлежали к какому-то одному сословию — её носили и крестьяне, и мещане, и дворяне. Например, известен дворянский род Дуниных, ведущий начало от польского шляхтича, выехавшего в Россию в XVII веке. Но это уже отдельная ветвь, не связанная напрямую с народной фамилией от Авдотьи.