Фамилия Дуничев образована от имени Дуня — уменьшительной формы крестильного женского имени Евдокия. В переводе с греческого Евдокия означает «добрая», «славная», «уважаемая» или «доблестная». Народный вариант этого имени на Руси — Авдотья. Исходное имя было широко распространено в крестьянской среде, и это объясняет, почему основатель рода Дуничевых, скорее всего, принадлежал к простому сословию: знать чаще носила фамилии от полной формы имени, а крестьяне и горожане — от обиходных, производных форм.

Суффикс -ев в фамилии указывает на типичную русскую модель образования: от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или -ч, прибавляли -ев, чтобы получить притяжательное прилагательное. То есть Дуничев буквально означало «сын Дунича» или «человек из рода Дунича». Сама форма Дунич — это отчество от Дуня, построенное по той же модели, что и Иванович от Иван.

Существует и альтернативная версия: фамилия могла произойти от прозвища Дунич, а оно — от нарицательного «дуня», так в старину называли дыню. Однако эта гипотеза менее правдоподобна: бахчевые культуры были мало известны в северных и центральных землях Руси, а фамилия Дуничев встречается у русских довольно часто, что говорит скорее о её «именном», а не «овощном» происхождении.

В ономастических справочниках фамилия Дуничев не относится к числу редких, но и не входит в первую сотню самых распространённых. Её можно встретить в центральных и южных регионах России, где имя Евдокия было особенно популярно. Однокоренные фамилии — Дунин, Дуняев, Дуняшин — образованы от тех же уменьшительных форм, но с разными суффиксами, что показывает разнообразие народных вариантов одного и того же имени.