Фамилия Дунина — один из тех случаев, когда происхождение лежит на поверхности, но без разбора суффикса не обойтись. Окончание -а указывает на то, что перед нами женская форма фамилии (Дунин → Дунина), а сама основа образована по типичной русской модели: от личного имени или прозвища с помощью притяжательного суффикса -ин.

Корень здесь — Дуня. Самое прямое и распространённое объяснение: Дуня — это народная, сокращённая форма крестильного имени Авдотья, которое, в свою очередь, является русским вариантом греческого имени Евдокия. В переводе с греческого оно означает «превосходная», «милая», «благоволение». Фамилия, таким образом, буквально отвечала на вопрос «чей?»: сын или дочь Дуни, то есть потомок человека по имени Дуня.

Существует и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «дуней» в шутку называли дыню. Однако эта гипотеза разбивается о простой факт: бахчевые культуры исторически были мало распространены в центральной и северной полосе России, где фамилия Дунина встречается довольно часто. Прозвище, данное по экзотическому для крестьянина плоду, вряд ли могло стать настолько массовым. Поэтому версия с именем Авдотья выглядит несравнимо правдоподобнее.

Интересно, что фамилия Дунина — не единичный случай, а часть целого куста однокоренных фамилий: Дунин, Дуняев, Дуняшин, Авдотьин. Все они так или иначе восходят к тому же источнику — имени Евдокия и его просторечной форме. Точное место и время возникновения конкретного рода Дуниных можно установить только при глубоком генеалогическом поиске, но общая картина ясна: перед нами типичная «матческа» (от имени матери) или фамилия, закрепившаяся за потомками женщины по имени Дуня (Авдотья).