Фамилия Дуньковы — это отчество второго порядка, которое образовали от прозвища Дунько с помощью патронимического суффикса -ов. Исходное прозвище Дунько, судя по суффиксу -к-, было распространено на землях современной Украины и юга России. На это же указывает и первая версия происхождения основы: в этих краях «дунькой» называли дыню. Следовательно, прозвище могло закрепиться за огородником или торговцем бахчевыми — человеком, который выращивал или продавал дыни.

Есть и другая, не менее весомая версия. Дунько — это народная, обиходная форма крестильного имени Евдокия (от древнегреческого «благоволение»). В быту имя сокращали, и от полного Евдокия через форму Дуня возникло множество уменьшительных вариантов: Дуняша, Дунька, Дунько. В таком случае прозвище Дунько закрепилось за мужчиной, который, например, был сыном Евдокии или сам носил это имя в качестве внутрисемейного, нецерковного. Со временем имя или прозвище Дунько перешло в фамилию Дуньков, то есть «сын Дунька».

Вторая гипотеза выглядит правдоподобнее, если учесть, что суффикс -к- в славянских фамилиях чаще указывает на уменьшительно-ласкательную форму личного имени, а не на профессиональное прозвище. К тому же «дыня» в южных говорах — слово женского рода, и прозвище Дунька чаще давали женщинам, а вот мужская форма Дунько как раз и указывает на производное от женского имени Евдокия.

Фамилия Дуньковы — редкая. Её носители встречаются преимущественно в южных областях России и на востоке Украины, что подтверждает региональную привязку обеих версий. Окончательно установить, по какому именно пути пошла фамилия в конкретном роду, можно только через глубокие генеалогические изыскания с привлечением метрических книг и ревизских сказок.