Фамилия Даньковы (в мужском варианте — Даньков) образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. Её основа — имя Данько, которое представляет собой уменьшительную форму христианского имени Даниил (разговорная форма — Данила). В переводе с древнееврейского Даниил означает «мой судья — Бог». Получается, что фамилию получил потомок человека по имени Данько.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русского севера и центра: суффикс -ов присоединялся к основе имени, указывая на принадлежность («чей?»). Даньков — буквально «сын Данька». Это одна из самых массовых моделей русских фамилий, но в случае с Даньковыми есть нюанс: основа Даньк- могла возникнуть не только от Даниила, но и от других имён, начинающихся на Дан-. Например, от редкого крестильного имени Данакт (греч. «владыка») или от славянского Дан (сокращение от Данимир, Даньслав). Впрочем, версия с Даниилом остаётся основной и самой правдоподобной: имя было широко распространено, а форма Данько встречается в исторических документах с XV века.

Географически фамилия Даньковы чаще всего встречается в центральных и южных областях России, а также на Украине. В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем в Рязанском, Тульском и Орловском краях. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным и шёл неравномерно в разных сословиях. Крестьянские фамилии на -ов закреплялись в основном после отмены крепостного права в 1861 году, тогда как у служилых людей и казаков они могли появиться на два-три столетия раньше.

Фамилия Даньков не имеет отношения к народному герою Данко из горьковской легенды — это имя-основа придумано писателем в начале XX века. Зато она родственна другим распространённым фамилиям: Данилов, Данильченко, Данилкин, Данилин. Все они восходят к тому же библейскому корню, но различаются суффиксами, которые указывают на регион и эпоху возникновения. Даньков — один из самых ранних вариантов, закрепившийся в народной, а не книжной форме имени.