Фамилия Даньковых происходит от имени Данько, которое в свою очередь является народной формой церковного имени Даниил. Даниил в переводе с древнееврейского означает «Бог мой судья» или «судья Божий». В русской традиции имя Даниил давало множество уменьшительных форм: Даня, Данька, Данько. Суффикс -ко в имени Данько характерен для южных и западных регионов Руси, особенно для Украины и Белоруссии, где такие формы были распространены в быту.

Фамилия Даньковых стоит в форме родительного падежа множественного числа, что типично для северных и центральных областей России, а также Сибири. Если фамилия оканчивается на -ых, она отвечает на вопрос «чьи?» и указывает на принадлежность целому роду: Даньковых — значит «из семьи Даньковых». Такая модель образования фамилий (Даньков → Даньковых) встречается реже, чем стандартная -ов/-ев, и чаще фиксируется в документах XVI–XVII веков, когда крестьян записывали по двору или деревне.

Основа фамилии — Данько — могла быть не только уменьшительным от Даниил, но и прозвищем. В некоторых говорах «данька» или «данько» означало человека, который платил дань, сборщика податей или, наоборот, того, кто был обязан отдавать часть урожая. Однако эта версия менее вероятна: имя Даниил было настолько популярно, что большинство носителей фамилии восходят именно к нему.

Среди однокоренных фамилий — Даньков, Данькин, Данилов, Данильченко. Даньковых — более редкая форма, и её носители в основном сосредоточены в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, где сохранилась традиция фамилий на -ых. Предки современных Даньковых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия закрепилась за целым родом, жившим в одном селе или деревне.