Фамилия Дунькина образована от имени или прозвища Дунька. Самая очевидная версия — народная форма имени Авдотья, которое, в свою очередь, является вариантом греческого Евдокия («превосходная, милая»). Уменьшительное Дуня, Дунька в крестьянской среде было распространённым обиходным именем, и фамилия по материнской линии (от имени матери) — не редкость для русских фамилий на -ин. В таком случае предок носительницы фамилии был сыном или дочерью женщины по имени Дунька.

Вторая версия — прозвище Дунька от слова «дыня». В некоторых говорах «дунькой» могли называть саму дыню или, по созвучию, человека, который торговал бахчевыми. Эта версия менее вероятна, потому что прозвища от названий овощей и фруктов обычно оформлялись иначе (например, Дынин), но полностью исключать её нельзя — ономастика знает случаи, когда народная этимология перекраивала звучание слова.

Фамилия Дунькина — женская форма, то есть исходно она принадлежала женщине или была дана по женской линии. В современном русском языке фамилия склоняется как прилагательное: Дунькина, Дунькиной, Дунькину. Мужской вариант — Дунькин. Встречается фамилия преимущественно в центральных регионах России, где имя Авдотья было особенно популярно. Точное место и время возникновения рода можно установить только через генеалогические разыскания, но модель образования (суффикс -ин от женского имени) указывает на XVII–XIX века, когда такие фамилии активно закреплялись в крестьянской среде.