Фамилия Донькина — типичная «материнская» или «отцовская» фамилия, образованная от имени или прозвища Донька. Чаще всего её основу видят в уменьшительной форме мужского или женского имени. Имя Доня, от которого пошло Донька, могло быть сокращением от нескольких канонических имён: древнееврейского Авдий («служитель Бога»), греческого Евдокий («благоволение») или латинского Домн («господний»). Имена Евдокий и Домн бытовали и в мужском, и в женском вариантах, поэтому Донькой в семье могли называть как сына, так и дочь. Фамилия закрепилась через суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — «Донькин сын» или «Донькина дочь», а затем и вся семья.

Менее вероятная, но любопытная версия связывает прозвище Донька с диалектным словом «донька» — «дочь». В этом случае фамилия могла закрепиться за ребёнком, которого в семье или в деревне так и звали по-свойски, или за отцом, у которого была только одна дочь. Однако из-за того, что суффикс -ин чаще прикрепляется к личным именам, версия с производным от Авдия, Евдокия или Домна выглядит правдоподобнее. В любом случае, фамилия Донькина — одна из тех, что хранит в себе память о домашнем, неофициальном имени предка, которое со временем стало родовым.