Фамилия Дуньков образована от прозвища или имени Дунько. В её основе — суффикс -к-, характерный для украинских и южнорусских уменьшительных форм, и русский патронимический суффикс -ов, который буквально означает «чей?» — то есть «сын Дунька».

Самый вероятный источник прозвища Дунько — нарицательное «дунька». На юге России и на Украине так называли дыню. В этом случае прозвище указывало на род деятельности человека: он мог выращивать или продавать дыни. Такая версия относит фамилию к числу «профессиональных» именований, которых много среди крестьянских и казачьих фамилий южных регионов.

Есть и другая гипотеза. Дунько могла быть производной формой от женского крестильного имени Евдокия (в переводе с древнегреческого — «благоволение»). В народной речи Евдокия превращалась в Авдотью, а от неё — в уменьшительное Дунька. Мужчина, носивший такое прозвище, мог получить его по матери или по жене, что не редкость в русской ономастике: скажем, если в семье главной кормилицей была Евдокия, её сына в шутку или по обычаю звали Дунько.

Обе версии возможны, но первая — от названия дыни — выглядит предпочтительнее. Дело в том, что фамилии от названий растений и продуктов (Капустин, Огурцов, Репьев) широко распространены, а вот «женские» основы в мужских прозвищах встречаются реже и чаще имеют пренебрежительный оттенок. В случае с Дуньковым, скорее всего, мы имеем дело именно с «огородной» фамилией, а не с производной от Евдокии.

Географически фамилия Дуньков тяготеет к южнорусским областям и востоку Украины, что совпадает с ареалом слова «дунька» в значении «дыня». В центральных и северных регионах России эта фамилия встречается значительно реже.