Фамилия Дуйнега — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка описывало характер или поведение человека, а не его профессию или место жительства. Чтобы понять её значение, нужно разобрать слово по частям. Корень «дуй» восходит к глаголу «дуть», а суффикс «-ега» — характерная черта прозвищ, образованных от глаголов (сравните: «гуляка» от «гулять», «растяпа» от «растяпать»). В белорусском, украинском и западнорусском говорах суффикс «-ега» придавал слову оттенок насмешки или пренебрежения. Таким образом, Дуйнега — это «тот, кто дует», но не в прямом, а в переносном смысле. Скорее всего, так могли назвать хвастуна, пустослова, человека, который «дует» в уши, то есть много обещает или преувеличивает. Вторая, менее вероятная версия — прозвище могло закрепиться за музыкантом, играющим на духовом инструменте (дудочником или трубачом), но она не объясняет пренебрежительный суффикс.

География фамилии подсказывает, что её родина — западные регионы России или восток Беларуси. Форма на «-ега» типична для смоленских, псковских и витебских говоров. В центральнорусских землях такое прозвище скорее приняло бы форму «Дуйко» или «Дуйкин». Фамилия недворянская: суффикс «-ега» почти не встречается в фамилиях высших сословий, которые чаще образовывались от полных церковных имён. Дуйнега — это типичное деревенское «уличное» прозвище, которое затем стало официальной фамилией крестьянина или ремесленника.

Интересно, что фамилия сохранила свою первоначальную форму без изменений. В отличие от множества фамилий, которые русифицировали, добавляя суффиксы «-ов» или «-ин» (например, Дуйнев или Дуйнегин), вариант Дуйнега остался в исходном виде. Это говорит о том, что носители фамилии, вероятно, жили достаточно компактной группой и сохраняли местный говор. Сегодня фамилия встречается крайне редко, и почти все её носители могут проследить свои корни до одного из сёл на границе Смоленской и Витебской областей.