Фамилия Дунега — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, который сразу указывает на принадлежность отцу или хозяину. Окончание -ега сразу настораживает: оно нехарактерно для великорусских фамилий, зато встречается в северных говорах и в белорусском ономастиконе.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Дун(я) с помощью суффикса -ега. В русских диалектах «дуня» — ласковое обращение к девушке, но также и прозвище медлительного, простоватого человека (от глагола «дуть» в значении «надуваться, важничать» или от «дунуть» — ударить). Суффикс -ега придаёт слову оттенок увеличительности или пренебрежения, как в словах «дружега», «ветрега». Таким образом, Дунега — это, скорее всего, «большой Дунька» или «тот, кого прозвали Дуней, да ещё и с насмешкой». Прозвище могло закрепиться за человеком нерасторопным, надутым или, наоборот, простодушным.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Беларуси есть деревня Дунега (например, в Витебской области). В таком случае фамилия могла возникнуть у выходца из этого села: «Дунега» — тот, кто родом из Дунеги. Однако такая модель образования (название села без типичного суффикса -ский) для русских фамилий редкость, чаще она встречается у литовских или польских фамилий на -ега.

Фамилия почти не встречается в центральных областях России. Её ареал — северо-запад: Псковская, Новгородская области, а также Беларусь. Это косвенно подтверждает диалектное происхождение прозвища. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется — значит, она либо поздняя (XIX век), либо оставалась в крестьянской среде без письменного закрепления.

По сути, Дунега — это фамилия-прозвище, которая описывает внешнюю или поведенческую черту предка. Суффикс -ега делает её редкой и регионально окрашенной, а основное значение сводится к «человек, которого в шутку или всерьёз называли Дуней».