Фамилия Денега — редкий случай, когда угадывается сразу два совершенно разных корня, и какой из них верный, сказать непросто. Самая распространённая версия выводит её из прозвища Дейнега. В XVII веке дейнегами называли украинских казаков, вооружённых дубиной (от польского dzięga — дубина, палица). Царское правительство активно использовало таких казаков для охраны границ и в войнах. Со временем звук [j] в начале слова мог утратиться, и Дейнега превратился в Денегу. Так фамилия могла указывать на социальное положение предка — вольного казака или человека, связанного с военной службой на южных рубежах.

Есть и другая гипотеза, которая связывает прозвище Денега с существительным «день». В этом случае прозвище было внутрисемейным: так родители могли назвать ребёнка, родившегося в светлое время суток. Такие «временные» имена (например, Вечер, Ночка) в старину были не редкостью.

Выбор между этими версиями — вопрос географии. Если предки происходят из южнорусских областей или с Украины, версия с казаком-дейнегой выглядит убедительнее. Для северных или центральных регионов более вероятна «дневная» основа.

Сама фамилия образована по простой модели: прозвище Денега (или Дейнега) без дополнительных суффиксов перешло в статус фамилии. Это характерно для ранних русских фамилий, особенно тех, что закрепились в простонародной среде. Окончание -а указывает на мужской род именительного падежа, что типично для украинских и белорусских фамилий, но встречается и в южнорусских говорах.