Фамилия Денегин образована от прозвища или нецерковного имени Денега. В основе лежит слово «деньга» — так в Древней Руси называли монету, а позднее — мелкую денежную единицу. Прозвище Денега могли дать человеку богатому, прижимистому, либо, напротив, тому, кто постоянно нуждался в деньгах (по принципу контраста, как часто бывает в русской антропонимии). Возможен и иной вариант: прозвище мог получить меняла, ростовщик или казначей — человек, так или иначе связанный с деньгами и денежным обращением.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Денегин буквально означает «сын Денеги» или «потомок Денеги». Форма фамилии — без изменения корня, что говорит о её относительно позднем оформлении (XVII–XVIII века), когда устоялись нормы письменной фиксации.

В исторических документах фамилия встречается нечасто, что характерно для прозвищ, связанных с деньгами: они были распространены, но не попали в число самых массовых. В переписных книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания людей с прозвищем Денежка или Денега в северных и центральных уездах России, особенно в среде посадских людей и крестьян. Денегины могли происходить из купеческой или ремесленной среды, где денежные расчёты были делом обычным.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «денега» имело и переносное значение — так называли человека мелкого, суетливого или скупого. Поэтому, помимо прямого «денежного» толкования, фамилия могла закрепиться за человеком с определённым характером. В любом случае, Денегин — фамилия редкая, с прозрачной, но неоднозначной этимологией, что делает её любопытным объектом для семейного историка.