Фамилия Денеко — редкий для русского уха пример, где прозвище перешло в фамилию не через уменьшительную форму, а через украинский суффикс -енк(о). Этот суффикс в буквальном смысле означает «маленький» или «сын» (как в фамилиях Шевченко, Тимошенко). Соответственно, Денеко — это «сын Денека» или просто потомок человека, которого звали Денеко.

Само прозвище Денеко (или Дейнека, Дейнега) в XVII–XVIII веках имело конкретное социальное значение. В те времена так называли украинских казаков, вооруженных дубинами, — дейнеков. Но не стоит думать, что это была какая-то регулярная часть войска. Эпоха была бурной: Украина горела в крестьянских восстаниях и народных войнах. В разных регионах повстанцев называли по-своему: в Карпатах — опрышками, в центральной Украине — гайдамаками, а на Подолии — как раз дейнеками или денеками. Прозвище Денеко, таким образом, могло закрепиться за человеком, который либо участвовал в этих отрядах, либо чем-то походил на такого повстанца — например, был крепок, прямолинеен или носил характерную внешность.

Есть и более бытовая версия. В южнорусских и украинских говорах «дейнека» иногда означало просто здоровяка, драчуна или человека с дубиной — без обязательной привязки к истории. Так могли прозвать деревенского задиру или просто рослого мужчину, который ходил с тяжелой палкой.

Поскольку фамилия образована по продуктивной украинской модели на -ко, её география ожидаема: это юг России, Курская, Белгородская, Воронежская области и, конечно, восточная Украина. Встречается она нечасто, но и не настолько редка, чтобы быть случайной. Вариант Дейнека — более распространённый и известный, а Денеко — его сжатая, «окающая» или просто упрощённая в произношении форма (выпадение «й»).