Фамилия Дейнеко происходит от прозвища Дейнега. В XVII веке на Украине дейнегой называли казака, вооружённого дубиной — основным и часто единственным оружием пешего бойца. Царское правительство активно привлекало таких казаков для охраны южных границ и участия в войнах, поэтому прозвище было не столько личным, сколько указывало на социальное положение и род занятий человека.

Слово «дейнега» имеет тюркские корни и родственно турецкому «дегнек» — дубина, палица. В украинских говорах закрепилось именно значение «казак с дубиной», а позже — просто «удалой, боевой человек». Прозвище было распространено в среде запорожского и реестрового казачества, особенно на Левобережье и Слобожанщине.

Фамилия образована по типичной для украинской ономастики модели: к основе Дейнег- добавлен суффикс -ко, который в данном случае указывает на потомка («чей?» — Дейнеков, но в украинской огласовке — Дейнеко). Такая модель (Коваль — Коваленко, Гончар — Гончаренко, Дейнега — Дейнеко) характерна для фамилий, возникших в среде казачества и крестьянства в XVI–XVIII веках.

Стоит отметить, что в русских говорах слово «дейнега» могло означать и просто «дубина» или «неуклюжий человек», но для фамилии Дейнеко основным и исторически достоверным остаётся казачье происхождение. Встречаются также варианты написания Дейнека и Дейнега, но форма на -ко закрепилась как самая массовая, особенно на Полтавщине, Черкащине и в Харьковской губернии.

Таким образом, носитель фамилии Дейнеко — потомок казака, который, скорее всего, нёс сторожевую службу на южных рубежах и был вооружён не саблей, а простой, но грозной дубиной.