Фамилия Дейнекин происходит от прозвища Дейнека. В XVII веке на южных рубежах России так называли украинского казака, вооружённого дубиной — дейнекой. Это слово, скорее всего, тюркского происхождения, означающее «дубина» или «палица». Царское правительство активно привлекало таких казаков для охраны границ и участия в войнах, поэтому прозвище было нередким. Со временем оно закрепилось за родом, и потомок человека по прозвищу Дейнека стал Дейнекиным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Дейнекин, то есть сын или потомок Дейнеки. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, но основа здесь необычная — не личное имя, а прозвище по роду занятий и оружию. Интересно, что в украинской ономастике встречается фамилия Дейнека без суффикса, а русская версия Дейнекин говорит о том, что носитель фамилии или его предки оказались в среде, где фамилии оформлялись по великорусскому образцу.

По сословной принадлежности единого правила нет. Среди Дейнекиных могли быть и казаки, и крестьяне, и мещане — прозвище не даёт точной социальной привязки. Географически фамилия встречается в основном в южнорусских и украинских областях, что подтверждает её корни. Других версий происхождения, например от личного имени, нет — тюркская основа и исторический контекст делают «казацкую» гипотезу единственной убедительной.