Фамилия Джандубаева происходит от восточного мужского имени Джандубай, в основе которого лежит составное прозвище. Первая часть, «джан», восходит к персидскому слову со значением «душа», «жизнь». Вторая — «дубай» — представляет собой тюркское молитвословие, пожелание благополучия и счастья. Соединяясь, эти компоненты дают имя со значением «добрая душа» или даже пожелание «пусть душа будет доброй».

Фамилия образована по русской модели с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на -й (Джандубай → Джандубаев). Окончание -а указывает на женскую линию рода. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде, где тюркские и персидские имена адаптировались к русской грамматике.

Сам процесс закрепления фамилий у народов Северного Кавказа и Поволжья проходил неравномерно — в основном в XIX — начале XX века, часто при переписях или воинском учете. Поэтому точное место и время возникновения рода Джандубаевых можно установить только по генеалогическим документам конкретной семьи.

Примечательно, что имя Джандубай — редкое даже для восточной ономастики. Оно не входит в число массовых тюркских антропонимов, что делает фамилию локально уникальной. Встречается она преимущественно в среде народов, испытавших влияние персидской лексики через исламскую культуру — например, у кумыков, ногайцев или части кавказских тюрков.