Фамилия Джандубаева образована от восточного мужского имени Джандубай. Оно состоит из двух компонентов: «джан» в переводе с персидского означает «душа», а «дубай» - это тюркское молитвословие с пожеланиями благополучия. Таким образом, имя Джандубай можно перевести как «добрая душа» или «пусть душа будет доброй». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Джандубаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.