Фамилия Джандубаев — довольно редкая и яркая по звучанию. Её основа однозначно указывает на тюркские или кавказские корни, а точнее — на тюркско-персидское происхождение. В центре фамилии лежит имя или прозвище Джандуба. Его можно разбить на две части: «джан» и «дуба».

Слово «джан» (can) в тюркских языках (и заимствованное из персидского) означает «душа», «жизнь», «возлюбленный». Это распространённый компонент в личных именах и обращениях (например, «джан» как ласковое добавление к имени). Вторая часть — «дуба» — более сложна. Вероятнее всего, это искажённая форма от тюркского «туба» или «дуба» — «верблюд», либо от арабского «ду`а» — «молитва». Однако есть и другая версия: «Дуба» может быть вариантом имени Дубай (или Дубат) — древнего тюркского имени, которое встречается у ногайцев и кумыков. В таком случае «Джандуба» — это сложносоставное имя, которое можно перевести как «душа-верблюд» (метафорическое прозвище для выносливого и дорогого человека) или «любимая молитва».

Суффикс «-ев» в фамилии указывает на русскую или русифицированную форму. В среде народов Северного Кавказа (особенно у кумыков, ногайцев, балкарцев) фамилии часто оформлялись патронимическим суффиксом «-ев»/«-ов» под влиянием русской документации. Таким образом, Джандубаев — это буквально «сын Джандубы».

Географически фамилия Джандубаев наиболее вероятно связана с Дагестаном или Ставропольем, где распространены кумыкские и ногайские фамилии с похожей структурой. Встречается она и среди чеченцев, но там чаще встречается форма Джандубаев или Джандубаев с другим суффиксом.

Социальный контекст: предки носителя этой фамилии, скорее всего, были свободными общинниками или узденями (в сословной иерархии горских народов). Никаких указаний на княжеское или ханское происхождение в этой фамилии нет — она образована от личного имени, а не от титула.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Джандаров, Джантуганов), то Джандубаев стоит особняком из-за редкой второй основы «дуба». В ономастических справочниках эта фамилия не описана подробно, но её разбор показывает, что она несёт в себе теплое, почти поэтическое значение — «душа» и что-то дорогое, возможно, связанное с верблюдом как символом богатства и выносливости в кочевой культуре.