Фамилия Джандыбаев происходит от личного имени Джандыбай. Это составное имя, где первая часть — персидское «джан» («душа»), а вторая — древнетюркское «бай» («господин, богатый человек»). Вместе имя можно понять как «господин с душой» или «душевный богач». Такие двухкоренные имена с компонентом «бай» типичны для тюркской антропонимии: они подчёркивали статус, достаток или душевные качества человека.

Сам суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий: буквально «Джандыбаев» означает «сын Джандыбая» или «потомок Джандыбая». Фамилия закрепилась в среде казахов и других тюркских народов, которые в XIX — начале XX века активно адаптировали русскую патронимическую форму при документальном учёте.

В архивных записях встречаются несколько ранних носителей. Алиаскар Джандыбаев родился в 1872 году в 14-м ауле Беркаринского района Карагандинской области. Джунусбек Джандыбаев — в 1888 году в 6-м ауле Абралинского района Семипалатинской области. Дюсепбек Джандыбаев — в 1882 году там же. Все три записи относятся к территории современного Казахстана и показывают, что фамилия была распространена в Центральном и Восточном Казахстане.

Особенность фамилии — редкое для русской ономастики сочетание персидского и тюркского корней в основе. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (например, Джанбаев, где вторая часть — просто «бай»), то наличие «ды» между корнями может указывать на диалектный или местный вариант произношения исходного имени. Скорее всего, элемент «ды» — это фонетическая вставка или часть тюркского аффикса, передающего обладание (как в словах «джанды» — «с душой»). То есть Джандыбай — это не просто «господин и душа», а «господин, имеющий душу», что усиливает смысловую нагрузку имени.

Фамилия нечастая, поэтому в открытых источниках мало сведений о её географии за пределами Казахстана. Но по модели образования и корням она типична для казахской антропонимии конца XIX — начала XX века.